ענר שכטר גדל במחלקת הנוער של הפועל חיפה, ובעונת 2016/17 רשם הופעות ראשונות במדי הקבוצה הבוגרת, במסגרת גביע הטוטו (ואף כבש לרשת הפועל תל אביב). בעונה הבאה רשם שלוש הופעות ליגה כמחליף, ובעונת 2018/19 עבר להפועל עפולה מהליגה השנייה. הוא כבש בעונה זו ארבעה שערים, אחד מהם לרשת הפועל פתח תקוה.
עונה לאחר מכן חזר שכטר להפועל חיפה, אך מיעט לקבל דקות משחק ועבר להפועל אשקלון מהלאומית, וגם שם לא הרבה לשחק. הוא פתח את עונת 2020/21 בסקציה נס ציונה, שם כבש שער אחד, ובאמצע העונה עבר להפועל פתח תקוה, שהיתה שקועה בתחתית הלאומית.
הקבוצה באותה עונה היתה חלשה במיוחד, ושכטר בחמש הופעות בהרכב ועוד עשר כמחליף לא הותיר חותם מיוחד. בסיום העונה ירדה הקבוצה לליגה א' אך בסופו של דבר נשארה לאחר שהפועל איכסל לא עברה בבקרה התקציבית. שכטר המשיך בכל זאת לליגה א', וחתם במכבי הרצליה.
בעונת 2022/23 שיחק בבית"ר תל אביב בת ים, וב-2023/24 במ.כ ירושלים, איתה עלה מליגה ב' לליגה א'. הוא המשיך במדי הירושלמים גם ב-2024/25, וב-2025/26 עבר להפועל מרמורק.
קישורים:
ההתאחדות לכדורגל - עמוד שחקן
כל המשחקים בהם שותף: